El control oficial de las zonas de producción y reinstalación clasificadas incluye el seguimiento de la presencia de plancton productor de toxinas en las aguas. Para ello se deben elaborar planes de muestreo que prevean la realización de estos controles a intervalos regulares. La distribución geográfica de los puntos de muestreo y la frecuencia del mismo deben asegurar que los resultados del análisis sean los más representativos posible para la zona en cuestión.

El muestreo de plancton debe poder detectar posibles cambios en su composición y en la distribución geográfica. Cuando los resultados indiquen que se ha producido una acumulación de toxinas en carne de molusco, el muestreo deberá intensificarse.

La frecuencia de muestreo debe adaptarse a los resultados de la evaluación de riesgos sobre la presencia de fitoplancton, si la evaluación indica que el riesgo de episodios tóxicos es muy bajo la frecuencia se puede reducir, si es alto se deberá aumentar.

Las muestras deben ser representativas de la columna de agua y proporcionar información tanto sobre la presencia de especies tóxicas como sobre las tendencias poblacionales. Para poder entender la tendencia poblacional, en el momento de la recogida de la muestra se miden diferentes parámetros ambientales in situ como temperatura, salinidad, concentración de oxígeno disuelto, pH y también se recogen muestras para el análisis de clorofila. En algunas zonas además se instalan boyas con sensores que registran estos parámetros en continuo. Para tomar muestras representativas de la columna de agua se utiliza una manguera, también se pueden recoger muestras de diferentes profundidades y mezclarlas.

En base los resultados se debe intensificar la frecuencia de muestreo para análisis de toxinas y/o proceder a un cierre preventivo de la zona hasta que se obtengan los resultados de los análisis de toxinas. A veces debido al mal tiempo especialmente en las zonas de explotación de bancos naturales de marisco, la obtención de las muestras de moluscos para análisis de toxinas puede retrasarse, por ello es necesario implementar cierres preventivos al detectar abundancia de especies tóxicas en niveles que puedan suponer una acumulación de toxinas en bivalvos por encima del nivel legislado.

En caso de que la autoridad competente cierre una zona de producción debido a la presencia de plancton o de niveles de toxina excesivos en los moluscos, harán falta al menos dos resultados consecutivos, separados por un mínimo de 48 horas, por debajo de los límites reglamentarios, para reabrir la zona. Al adoptar esa decisión la autoridad competente podrá tener en cuenta la información sobre las tendencias del fitoplancton. Cuando existan datos sólidos sobre la dinámica de la toxicidad de una zona determinada, y a condición de que se disponga de datos recientes sobre una disminución de la toxicidad, la autoridad competente podrá decidir reabrir la zona si los resultados de un único muestreo están por debajo de los límites reglamentarios.

Las especies de microalgas tóxicas que se deben controlar son las que producen las toxinas legisladas: toxinas paralizantes, toxinas amnésicas, ácido ocadaico, dinofisistoxinas, pectenotoxinas, yesotoxinas, azaspirácidos. La UNESCO mantiene un listado de especies tóxicas disponible online, este listado se va actualizando a medida que se van descubriendo nuevas especies productoras de toxinas. Los responsables de los programas de control oficial de fitoplancton necesitan estar además al día de los artículos científicos que describen ya sea nuevas especies, especies ya conocidas, pero de las que se desconocía su toxicidad, así como de los cambios en la nomenclatura de las especies. Para estar al día en relación a los cambios en la nomenclatura el World Register of Marine Species (WoRMS) y AlgaeBase son una buena guía. El análisis de toda la comunidad fitoplanctónica ayuda a interpretar las tendencias poblacionales y además, en estudios retrospectivos, permite conocer si una especie que no se consideraba tóxica estaba ya presente en la zona antes de ser descrita como productora de toxinas. El análisis de toda la comunidad fitoplanctónica también es útil para interpretar situaciones de mortalidad de fauna marina debido a proliferaciones de otras especies nocivas.

La UNESCO tiene un programa sobre fitoplancton tóxico y nocivo “Harmful Algal Bloom Programme” cuyo objetivo es apoyar la gestión y la investigación sobre estas proliferaciones para comprender sus causas, predecirlas y mitigarlas. Entre otras actividades incluye el sistema HAIS “Harmful Algal Information System” del que forma parte el listado de especies tóxicas y también la base de datos sobre episodios de proliferaciones HAEDAT. En HAEDAT los diferentes programas de seguimiento, de forma voluntaria, aportan información sobre los cierres de zonas de producción de moluscos, mortalidades de peces, discoloraciones y otros efectos nocivos de las proliferaciones. Esta base de datos es consultable por el público en general.