El control oficial de les zones de producció i reinstal·lació classificades inclou el seguiment de la presència de plàncton productor de toxines en les aigües. Per a això s’han d’elaborar plans de mostreig que prevegin la realització d’aquests controls a intervals regulars. La distribució geogràfica dels punts de mostreig i la freqüència del mateix han d’assegurar que els resultats de l’anàlisi siguin els més representatius possible per a la zona en qüestió.
El mostreig de plàncton ha de poder detectar possibles canvis en la seva composició i en la distribució geogràfica. Quan els resultats indiquin que s’ha produït una acumulació de toxines en carn de mol·lusc, el mostreig ha d’intensificar-se.
La freqüència de mostreig s’ha d’adaptar als resultats de l’avaluació de riscos sobre la presència de fitoplàncton, si l’avaluació indica que el risc d’episodis tòxics és molt baix la freqüència es pot reduir, si és alt caldrà augmentar.
Les mostres han de ser representatives de la columna d’aigua i proporcionar informació tant sobre la presència d’espècies tòxiques com sobre les tendències poblacionals. Per poder entendre la tendència poblacional, en el moment de la recollida de la mostra es mesuren diferents paràmetres ambientals in situ com temperatura, salinitat, concentració d’oxigen dissolt, pH i també es recullen mostres per a l’anàlisi de clorofil·la. A més, en algunes zones s’instal·len boies amb sensors que registren aquests paràmetres en continu. Per prendre mostres representatives de la columna d’aigua s’utilitza una mànega, també es poden recollir mostres de diferents profunditats i barrejar-les.
En base els resultats s’ha d’intensificar la freqüència de mostreig per a anàlisi de toxines i/o procedir a un tancament preventiu de la zona fins que s’obtinguin els resultats de les anàlisis de toxines. De vegades a causa del mal temps especialment a les zones d’explotació de bancs naturals de marisc, l’obtenció de les mostres de mol·luscs per a anàlisi de toxines pot retardar-se, per això cal implementar tancaments preventius en detectar abundància d’espècies tòxiques en nivells que puguin suposar una acumulació de toxines en bivalves per sobre del nivell legislat.
En cas que l’autoritat competent tanqui una zona de producció a causa de la presència de plàncton o de nivells de toxina excessius en els mol·luscs, faran falta almenys dos resultats consecutius, separats per un mínim de 48 hores, per sota dels límits reglamentaris, per reobrir la zona. En adoptar aquesta decisió l’autoritat competent pot tenir en compte la informació sobre les tendències del fitoplàncton. Quan hi hagi dades sòlides sobre la dinàmica de la toxicitat d’una zona determinada, i a condició que es disposi de dades recents sobre una disminució de la toxicitat, l’autoritat competent podrà decidir reobrir la zona si els resultats d’un únic mostreig estan per sota dels límits reglamentaris.
Les espècies de microalgues tòxiques que s’han de controlar són les que produeixen les toxines legislades: toxines paralitzants, toxines amnèsiques, àcid ocadaic, dinofisitoxines, pectenotoxines, yesotoxines, azaspiràcids. La UNESCO manté un llistat d’espècies tòxiques disponible en línia, aquest llistat es va actualitzant a mesura que es van descobrint noves espècies productores de toxines. Els responsables dels programes de control oficial de fitoplàncton necessiten estar més al dia dels articles científics que descriuen ja sigui noves espècies, espècies ja conegudes, però de les que es desconeixia la seva toxicitat, així com dels canvis en la nomenclatura de les espècies. Per estar al dia en relació als canvis en la nomenclatura al World Register of Marine Species (WoRMS) i AlgaeBase són una bona guia. L’anàlisi de tota la comunitat fitoplanctònica ajuda a interpretar les tendències poblacionals i a més, en estudis retrospectius, permet conèixer si una espècie que no es considerava tòxica estava ja present a la zona abans de ser descrita com a productora de toxines. L’anàlisi de tota la comunitat fitoplanctònica també és útil per a interpretar situacions de mortalitat de fauna marina a causa de proliferacions d’altres espècies nocives.
La UNESCO té un programa sobre fitoplàncton tòxic i nociu “Harmful Algal Bloom Programme” l’objectiu del qual és donar suport a la gestió i a la investigació sobre aquestes proliferacions per comprendre les seves causes, predir-les i mitigar-les. Entre altres activitats inclou el sistema HAIS “Harmful Algal Information System” del qual forma part el llistat d’espècies tòxiques i també la base de dades sobre episodis de proliferacions HAEDAT. En HAEDAT els diferents programes de seguiment, de forma voluntària, aporten informació sobre els tancaments de zones de producció de mol·luscs, mortalitats de peixos, descoloracions i altres efectes nocius de les proliferacions. Aquesta base de dades és consultable per al públic en general.